云南高原特色现代农业省部共建协同创新中心是在云南省认定的“生物多样性与云南特色农业”省级协同创新中心基础上建设和发展形成的，由云南农业大学牵头，联合中国科学院昆明植物研究所、中国科学院昆明动物研究所、云南天士力帝泊尔生物茶集团有限公司等8家单位组建。2012年10月该中心被认定为云南省第一批省级协同创新中心，2013年1月正式运行。2014年4月经云南省机构编制委员会批准成立云南省高原特色农业产业研究院，作为中心的实体化运行载体。2015年以来,中心新增云南省农科院等5家共建单位，以高原特色现代农业全产业链建设为方向，深入开展种质创新、生态农业和绿色食品加工等关键技术研发。中心立足区域生物资源优势，面向国家及区域经济发展重大需求，紧扣省委省政府提出的大力发展高原特色现代农业和打造绿色食品牌的重大战略决策，围绕农业生物种质创新、生态农业技术应用及绿色食品精深加工3个研究方向开展研究工作。