云南省茶深加工工程技术研究中心是云南省科技厅2010年第二批认定的云南省工程技术研究中心，由云南农业大学和中国普洱茶研究院共同申报。在2012年12月，云南省茶深加工工程技术研究中心通过省科技厅验收，完成中心的建设。

云南省茶深加工工程技术研究中心主要解决茶叶功效与健康功能的重大需求和国际茶功效科学技术领域的研究前沿，以茶叶功效成分与健康的关系为核心，开展茶（尤其是普洱茶）因子分子结构与应用基础研究，探索茶因子的功效、茶与代谢免疫调控机理，发展茶功效新产品应用开发技术，建立茶因子功效的学科体系。建成集研究、设计、开发、成果转让、技术咨询、信息传播、教育培训等工作于一体的综合科研、设计与产业开发机构。

现中心获得省部级重大专项经费支持。目前，团队成员三分之一的人员有国外博士学位，现已共发表核心期刊论文64篇，其中SCI收录15篇，申请发明专利9项，编写著作5部，获得国家自然科学基金支持7项。共培养博士研究生5名，硕士研究生30余名。同时，创新团队将茶科学与健康领域的技术进行应用推广，已实现直接经济效益1.8亿元/年，促使农民增收、企业发展等社会效益10余亿元/年。