昨日，记者从云南农业大学获悉，该校与中国科学院植物研究所合作，构建了全球最大型葡萄属植物基因组学数据库。这也是我国葡萄遗传资源的首个原创性数据库。
葡萄是世界上最古老的果树树种之一，是葡萄属中栽培最多的水果作物，该属还含有约60种可育的野生种。在世界温带地区的原生栖息地中，北美约有28种野生葡萄品种，东亚约有30种野生葡萄种类。尽管葡萄栽培在人类历史中具有重要的文化意涵及经济价值，但大规模基因组遗传变异数据的缺乏导致无法解析其驯化传播历史，也严重阻碍了葡萄的性状改良。
随着全球越来越多葡萄属植物基因组的陆续解析，及相关重测序、转录调控等高通量数据的积累，研究人员迫切需要一个能够整合基因组、遗传变异数据、转录组和表型组等多层次数据的比较工具，对葡萄属的特定生物学特征或基因家族的基因序列、结构等进行比较分析。为此，云南农业大学董扬教授、盛军教授，与中科院植物研究所李绍华教授共同合作，构建了首个葡萄属植物基因组学网站-VitisGDB。
截至目前，VitisGDB共收录了葡萄属7个物种共22个基因组组装结果；收录并处理了包括1641个重测序数据以及相应的表型信息；预测鉴定出9395万个单核苷酸变异位点以及9.7万个基因共线性关系。通过整合多种可视化组件与基因组在线比较工具，该数据库将不同类型的数据有机整合到了一起，为用户提供了友好的数据检索、下载和在线分析服务。
本报记者 杨质高
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