云南农业大学动物医学院的前身是云南大学农学院畜牧系，始创于1950年，1960年在小哨建立云南畜牧兽医学院，1961年云南畜牧兽医学院、昆明农学院和昆明林学院三个学校合并为昆明农林学院小哨分院，1964年迁至昆明农林学院本部黑龙潭成立畜牧兽医系，1969年搬迁至大理宾川县，1970年迁至寻甸县，1971年2月昆明农林学院畜牧兽医系与云南农业劳动大学畜牧兽医系合并成立云南农业大学畜牧兽医系，1979年由寻甸县迁至昆明市黑龙潭旁，1995年成立云南农业大学动物科学技术学院，2017年7月成立云南农业大学动物医学院。学院下设基础兽医学系、预防兽医学系、临床兽医学系、兽医公共卫生系4个系，拥有省级动物医学实验教学中心1个，有60余年历史的1500m²教学动物医院1个。

学院现有教师91人，其中教授27人、副高职28人，博士学位57人（62.6%），博士生导师12人。有国家万人计划1人，国家百千万人才工程1人，国家重点研发计划首席科学家2人，省“云岭学者”1人，省“产业技术领军人才”1人，省“千人计划”3人，省“青年拔尖人才”2人，省级教学名师2人，省学术技术带头人及创新人才5人、后备人才2人，省“兴滇英才”4人，省卓越青年教师1人，省高校名师工作室1个，省现代农业产业体系岗位专家3人；十、十一届全国人大常委和九届全国政协委员1人，省委联系专家2人；国务院兽医专业学位教指委委员和教育部动物医学教指委委员1人，中国病理生理一级学会常务理事和专委会主任委员1人，国家一级、二级学会理事长/副理事长/秘书长7人。

1996年获预防兽医学硕士授权，2004年获兽医专业硕士授权，2010年获兽医学硕士一级学科，含预防兽医学、基础兽医学和临床兽医学3个二级硕士点，2014年增设兽医公共卫生学硕士点，2018年在畜牧学一级学科下设畜禽健康养殖二级博士点，同年，兽医学于2018、2021两次被云南省列为“立项培育建设博士学位授权点”。

学科立足云南特殊的区域优势和动物疫病复杂多样性，主要从事动物病理生理、动物病理生物医学、病原流行病学、寄生虫资源及人兽共患病、植物源性药物研发、动物重要群发行疾病、小型猪实验动物化、比较医学等研究。形成了动物病理生理与动物病理生物医学、动物疫病防治、动物寄生虫资源挖掘与人兽共患病、动物重要群发性疾病防控技术、天然药物有效成分的发掘与利用、小型猪实验动物化与比较医学研究等多个特色研究方向。拥有省部共建国家重点实验室1个，省级重点实验室及工程研究中心3个，省级实验教学示范中心1个，地厅级重点实验室5个，与建在校内的云南省动物疫病预防控制中心共建研究生培养平台1个。近5年承担国家重点研发计划等各类项目192项，合同经费2.52亿元。获省部级科技奖5项、授权专利24项，成果转让5项，编写专著及教材27部，在Nature Biomedical Engineering、Plos Biology等高水平期刊发表论文103篇。

学院秉承“开学养正、耕读至诚”大学精神，践行“笃行仁爱、明德至善” 院训，把培养高素质、具有创新能力的动物医学人才为目标和使命。现有全日制本科生991人，硕士207人，累计为国家特别是云南省培养高素质兽医专业人才9000余名，云南省兽医行业从业人员80%以上毕业于云南农业大学。积极服务国家“ 一带一路” 建设，为南亚、东南亚国家培养硕（博）士等200余名。同时，在新农科建设背景下，探索协同育人机制实践途径，通过校企合作的模式建设了16个稳定的高质量学生实践基地和预就业基地，针对宠物诊疗、家禽诊疗、反刍动物诊疗、猪病诊疗以及实验技能提高等设置教学与实践模块。近五年来，毕业生初次就业率达85%以上。